Все открытие программы в панели задач закрывает махом программа CloseAll, но Трей она не цепляет.
Гуглил, не нашел.

Эпизодически делаю архив на одну важную папку, а архиваторы не берут открытые файлы, которые заблокировали программы, сидящие в трее - их несколько и они нужны.
Приходится их ручками закрывать по очереди.
Правда потом можно запустить все разом батником.