В некоторых случаях на платах есть два слота формфактора PCI Express x16, но реализованы они несколько иначе, причем довольно нелогично. Один слот всегда работает в режиме x16 и создан с использованием 16 линий PCI Express 2.0, поддерживаемых процессором, а второй слот всегда работает в режиме x4 и реализован с применением четырех линий PCI Express 2.0, поддерживаемых чипсетом. Делается это ради экономии нескольких центов на коммутаторах линий PCI Express — конечно же, данное решение хуже, чем решение с двумя переключаемыми слотами формфактора PCI Express x16.
На некоторых платах встречаются три и даже четыре слота формфактора PCI Express x16. При наличии трех слотов два из них могут быть созданы с использованием 16 линий PCI Express 2.0, поддерживаемых процессором, а третий слот, как правило, функционирует в режиме x4 и реализуется за счет линий PCI Express, поддерживаемых чипсетом.